When someone says "I don't understand" it usually means "what you are saying makes no sense". So it doesn't deserve a response b/c it won't help. Let them not understand and move on [if you are clear on your position].
When someone says "Why didn't you...?" Or "Why did you...?" it is usually not a question seeking more information but a criticism so the correct response is "I am sorry it bothered you."
When someone is identified as having as a "strong Jewish identity", they usually don't keep most of the mitzvos. There is no "kollel for people with a strong Jewish identity" or "that Rosh Yeshiva has a strong Jewish identity". A person sadly identifies as a Jew and thinks that that is enough.
That being said R' Tzadok writes:
עיקר היהדות – בקריאת שם "ישראל", כמו שנאמר: "זֶה יֹאמַר לַה' אָנִי וְזֶה יִקְרָא בְשֵׁם יַעֲקֹב וְזֶה יִכְתֹּב יָדוֹ לַה' וּבְשֵׁם 'יִשְׂרָאֵל' יְכַנֶּה" (ישעיה מד, ה), שלא יהיה לו רק מעלה זו שמכונה בשם "ישראל" די. ומצינו בריש פרק "כלל גדול" (שבת סח:): גר שנתגייר בין האומות ומביא חטאת על החלב והדם והשבת ועבודה זרה, עיין שם דלא ידע כלל שזה אסורה, ואפילו על עבודה זרה ושבת. ונמצא שלא ידע כלל מכל התורה, ובמה הוא גר להתחייב חטאת, רק בקריאת שם "ישראל" די.
ובזה יובן מה דיהרג ואל יעבור על המרת דת להיות ישמעאל, אף־על־פי שהם אין עובדים עבודה זרה אפילו בשיתוף, כנודע, וכן נזהרים על גילוי־עריות ושפיכות־דמים, ואין כופין כלל על אותן שלוש עבירות דיהרג ואל יעבור. אבל המרת שם "ישראל" לבד – זה שקול ככל התורה כולה וכנגד עבודה זרה גילוי עריות ושפיכות דמים, ועיין ברדב"ז מזה.
ולכן גם אצל ההמון הוא פסול משפחה שיש מומר במשפחה, ואין חוששין אם יש בה רשע גמור העובר על כל עבירות שבתורה, כל זמן שלא המיר. וכן דורות הראשונים היו עובדים עבודה זרה, ומכל מקום שם "ישראל" לא המירו, ועל זה נאמר: "חֲבוּר עֲצַבִּים אֶפְרָיִם הַנַּח לוֹ" (הושע ד, יז) – שהם בחיבור אומה אחת ולא נתפרדו להתחבר עם הגוים ולהיות בכללם.
