If your essence would leave your body when you were sleeping it wouldn't be correct to say שהחזרת בי נשמתי - that you returned my soul to me. The "me" is gone, so where is the soul returning??!! So we must say that even though your soul returns to Hashem when you sleep, part of it [or maybe something else???] remains with you. So when the soul comes back, it comes back to "you". This part of "you" is the basis for the restoration of the Divine Light of the soul in the morning.
בי.
מורה על העצמיות המיוחדה של האדם ותוכן החיים הטבעיים שלו. העצמיות הזאת היא שמורה עמו, והיא נשארת בקיומה גם בעת השינה. ועצמיות האדם הזאת היא הבסיס לקבל עליה את האור העליון של הנשמה, בשובה אליו להאיר אותו באורה.
Note: The Rav ztz"l explains EVERY WORD!! Even "בי", which we think little of when we say it, has deep significance. Halevai we should say it w/ proper kavana!!!