We put on our tzitzis first because of the rule מעלין בקודש ולא מודירין so we go from the less holy tzitzis to the holier tefillin. But there is another talmudic rule כל המקודש מחברו קודם לחברו - What is holier comes first [Zevachim 89]. So according to that tefillin should come first?
Also - if the rule is מעלין בקודש then why do we go in the order of כהן לוי ישראל. We should do ישראל כהן לוי?