השימוש במינוח 'תורת ארץ ישראל' הוא בעייתי, כיוון שהוא עלול להטעות. שהלא אין מדובר בתיאוריית אלוהי הארץ, ובחלוקת העולם לטריטוריות שונות בהן שולט חוק אלוקי שונה. אין בביטוי זה כדי לבטל את יחוד ד' ותורתו. כוונת המינוח היא לאפיין סוג מיוחד של תלמוד תורה, שקיומו העיקרי הוא בארץ ישראל, ומיקומו הגיאוגרפי הוא חלק בלתי נפרד ממהותו העצמית. מינוח זה קובע כי בארץ ישראל מתגלה פן אחר של התורה מכפי שהתגלה בחוץ לארץ, לאורך תקופת הגלות. למעשה מעורבים כאן מונחים הלקוחים משתי מערכות שונות. ראשונה בהן היא ארץ ישראל במובן הגיאוגרפי של המילה. המקורות שהובאו לעיל מלמדים על ייחודה של תורה הנלמדת בארץ ישראל גופה. שניה בהן היא ארץ ישראל במונחי זמן. השיבה לארץ ישראל בעת התחייה, היא חלק בלתי נפרד מתורת ארץ ישראל. תורה שנלמדה במאות השנים האחרונות שקדמו לתחייה בארץ ישראל, דמתה יותר לתורת חוץ לארץ, אף על פי שבית המדרש עמד על קרקעה של ארץ ישראל. מבחינה זו, אף לתורה הנלמדת מחוץ לגבולות הארץ בזמן הגאולה יש סממנים מובהקים של תורת ארץ ישראל . בניסוח 'תורת ארץ ישראל' אנו מבטאים את קיומו של שוני משמעותי במהות הלימוד ודרכיו בעת ששתי בחינות אלה, הגיאוגרפית והזמנית, מתלכדות בו. לימוד זה כולל בתוכו נדבכים רבים של דרכי הלימוד בעבר, אולם אלה נבלעים בתוכו, ויוצאים בפנים חדשות.
ההכרה בתורת ארץ ישראל עשויה להביא לידי זלזול בעולם התורה שהתפתח במשך מאות השנים האחרונות. קיימת סכנה כי ככל שיתברר יותר עניינה של תורת הארץ המיוחדת, כן יידחו גדולי התורה שלאורך הדורות ממעמדם האמיתי. עלול כל ינוקא בארץ ישראל שיגבה ליבו לומר, כיוון שלומד הוא את תורת הארץ, ומואר באורה הזורח על עוסקי התורה בארץ ישראל, תורתו דוחה את תורת הדורות שקדמו. אף עניין זה העסיק את הראי"ה, שכן לא בא הראי"ה לקלקל אלא לתקן8. הרב עצמו היה מקושר קשר עמוק אל הישוב הישן, ולצד קריאתו המתמדת להתחדשות, היוותה רציפות שלשלת מסירת התורה נדבך מרכזי בתפיסתו. הראי"ה התייחס לכך בביאורו לגמרא במסכת ברכות מז ע"א. הגמרא מספרת כי בהליכתם של אביי ורבין הקדים חמורו של רבין - שהיה "רגיל לעלות מבבל לארץ ישראל ולומר הוא דבריו משמו של רבי יוחנן" (רש"י) - את חמורו של אביי. אביי הגיב על כך בדברי ביקורת על התנהגות רבין, באומרו כי ארץ ישראל גרמה להגסת ליבו של רבין. הרב ראה בכך מפתח להתמודדות בבעייתנו:
"...מפני שיש לארץ ישראל היתרון שאוירה מחכים, כי התורה בהכרתה הפנימית ראוי שתהיה ניכרת לאמיתתה רק בארץ ישראל, מפני ששם היא ראויה להתקיים כצורתה בכל פרטיה. אבל בחוץ לארץ לעומת ארץ ישראל כל קיום התורה והמצוות הוא רק בערך ציונים, כדחז"ל בספרי ודברי הרמב"ן בזה, שיסודה של תורה הוא בארץ ישראל9. והנה יש יתרון בחכמה בכמות, דהיינו מי שלמד יותר, ואפילו חוץ לבקיאות גם בפלפול וסברא יש גם כן ערך של כמות הדברים שאפשר לאומרם בפה ולשון בדרכה של תורה, וזה אינו תלוי במקום. אמנם ההכרה הפנימית מתגדלת בטבע בארץ ישראל, מפני שהיא מקומה האמיתי, ויוכל המכיר רק להכיר בעצמו יתרון ההכרה. על כן יוכל היות שבלא כוונה ירום לבבו בהכירו יתרונו שבא מצד קדושת הארץ. אבל כמתרעם על זה אמר כיון שאינו יתרון שבא מצד מעלת האיש כשהוא לעצמו, כי אם מעלת המקום גורמת, אין ראוי לבקש מזה כבוד ויתרון, כי יתרון הכבוד ראוי שיביא התעוררות להיות מוסיף שלמות בדבר התלוי בבחירה..." ('עין אי"ה', ברכות, עמ' 207).
שתי סיבות לטעותו של רבין. בראשונה נתעלם מעיניו המשקל הנכבד שיש ליתן ללימוד בכמות ובסברא. אף על פי שתורתה של ארץ ישראל מיוחדת בשפע רוח הקודש שבה, אין להמעיט מכח התורה הנלמדת בסברא ובפלפול. גדלותו של אביי בתחום זה אינה מוטלת בספק, והיא עומדת אף בפני תורת ארץ ישראל שבפי רבין. אין תורת הארץ באה במקום גדלות בלימוד תורה. סיבה שניה נעוצה באי הבנת המונח 'כבוד'. אין הכבוד מגיע אלא לדברים שנעשו מכוחה של בחירה חופשית. סגולת אדם היא עניין גבוה מאוד, אך לא מגיעה לו מכוחה התייחסות שמקורה בכבוד. היחס המיוחד אל תלמידי חכמים נובע מבחירתם האישית הטובה ללמוד ולהקדיש את חייהם לתורה.
מכאן הסיק הרב, שאל להכרה בתורת ארץ ישראל להביא לידי שחצנות וגאווה, ובודאי שאין בה כדי להמעיט את הנלמד לאורך הדורות. הכרה בכך אינה נובעת רק מן היחס החיובי העקרוני אל תלמידי חכמים. היא נובעת מכוחה של תרומת תורת הגלות להגדלת תורה ולהאדרתה, למיצוי ופיתוח תחומים מיוחדים בתורה, ולקישור האומה הישראלית אל תורתה במלוא עוצמתה. אין תורת ארץ ישראל אלא חוליה נוספת בשלשלת הדורות. היחס המיוחד אליה נובע מן העובדה כי ניכר בה שינוי של ממש מדרכי הלימוד האחרות, וכן נובע מן העובדה כי היא משיבה את דמות התורה והיקפה לקדמותן. על כן, על אף זיקתו העמוקה לירושלמי ולדברי אגדה לא קרא הרב להתנתקות מן התלמוד הבבלי, ואף עיקר עיסוקו בתלמוד תורה היה בתחום זה. בכך התקשר הרב להמשך מסירת תורה בישראל, ולא פרץ גדר.
דברים אלה מקבלים חיזוק בהסברו של הרב לעובדת היות רבי עקיבא מעבר שנים ומקדש חודשים בחוץ לארץ (ברכות סג ע"א). עובדה זו מנומקת על ידי הגמרא "כיון שלא הניח כמותו בארץ ישראל". על כן מבאר הראי"ה כי "...אם שיסוד התורה הוא לדעת שמגמתה הכללית הוא קיומם של ישראל והפרחתם בארץ ישראל, על פי כל כוחותיהם הנפשיים הקדושים שהם מורשה קהילת יעקב. אבל עם זה צריך לדעת שהתורה בקיומה מצד בטחונה הנצחי אינה קשורה בשום מקרה וארץ, כי בחילופי המצבים ונדידת ישראל בעמים במשך גלות ארוך ומר, עם כל זה תורת ד' אתם..." ('עין אי"ה', ברכות, עמ' 384). בולטת מאוד העדינות בה מתייחס הרב לסוגיה זו. מחד גיסא הוא קובע כי אין התורה תלויה באופן מוחלט בארץ ישראל. עם חורבנה של הארץ יש המשך לתורה, והיא מסוגלת לנדוד בעולם כולו, ולהילמד בכל מקום בו מצויים לומדיה. מאידך גיסא, לשון הבדיעבד בולטת מאוד בפירושו. אין הוא מתעלם ממשקל המקום. נהפוך הוא, ההכרח מאפשר את המשך לימוד התורה וקיומה בחוץ לארץ, אך זו מציאות זמנית, השואפת באופן מתמיד לשוב אל תלמוד הארץ המיוחד לה.
ס' תורת א"י ...