There are two types of sfeikos: There is is one type of safeik that is a safeik b'etzem - an inherent safek and not due to our lack of knowledge - חסרון ידיעה. One example is an אנדרוגינוס whose gender is a ספק בעצם. Another is the חפינת הקטורת that is between the fingers [see Yoma 48b]. Others are Bein Hashmashos, כוי, and clusters of grapes that are ספק עוללות.
In the words of the Rebbe ztz"l
ועוד דלא הוה ספק בחסרון ידיעה לאיזה צד הוא שייך רק דהוא ספק בעצם ויש בו שני הצדדים וישאר הספק לעולם.
Examples can be found in Yerushalmi 8/5.
An example of a ספק of חסרון ידיעה is a טומטום or a ספק whether someone read קריאת שמע, safek tumah etc. etc. [The Yerushalmi in Nidda 1/1 compares safek tumah to a טומטום and אנדרוגינוס. But the אנדרוגינוס is אגב שיטפיה and not really comparable to safek tumah which is a ספק of חסרון ידיעה just like טומטום. See Yevamos 83a Tosfos D.H. Biryah].
The difference is that a ספק בעצם has a דין ודאי. Since we will never be able to resolve the ספק, the Rabbis made it ודאי. Whereas a ספק of חסרון ידיעה remains a safek.
See at length in the פתיחה לצפנת פענח on Rambam Hilchos Shabbos.
