According to the Ibn Ezra there are TWO reasons to honor one's parents. One is that they gave the child life etc. and the child owes them a AWFUL LOT [to state it lightly]. That is an autonomous reason. We don't need a commandment in the Torah for that one. Another reason is that Hashem commanded. That is whhy the pasuk promises one two rewards למען יאריכן ימיך - for doing what is the naturally, intuitively moral thing. And למען ייטב לך לך - Because he listened to Hashem.
דוגמא לרובד הכפול של המצוות נמצא בפירוש הראב"ע בפירושו לספר שמות (כ, א הפירוש הארוך):
ומשיקול הדעת שנטע השם בלב האדם, חייב כל אדם להטיב למי שייטיב לו. והנה הבן לא יצא לעולם רק על יד אבותיו, והם גמלוהו וטפחוהו וריבוהו והשקוהו והאכילוהו והלבישוהו, חייב לכבדם כל ימיו, כי הם היו לו הסיבה להיותו חי על פני האדמה, על כן שכרו למען יאריכון ימיך. ובעבור כי השם נפח בו נשמה על ידי האבות שתקנו הגוף, צוה שיכבד אבותיו, כי מי שיכבדם הוא מכבד את השם. והנה משה פירש ואמר כבד את אביך ואת אמך, ואמר, כאשר צוך ה' אלהיך (דבר' ה, טז), כי השכר הוא על מצות עשה, והעונש על מצות לא תעשה, כאשר אפרש בפ' לא תאכלנו (שם יב, כה). והנה אמר משה שאתה חייב לכבד האבות למען יאריכון ימיך. וזה החיוב הוא בשקול הדעת, גם בעבור שצוה השם שתכבדם יהיה לך עוד שכר טוב, והוא למען ייטב לך, בעבור ששמעת בקול השם."
The reason we have an autonomous source of morality is because HASHEM MADE US THAT WAY.
פיקודי ה' ישרים משמחי לב – והמצוות הנמצאות בכוח הנשמה בכל אדם בהיותו בר מצוה והשם הפקידם בלב והזכיר ישרים עמהם כי כל המשכילים מחכימים עליהם בדרך הישר. (כוונתו כנראה לפסוק הא-לקים ברא את האדם ישר – קהלת ז, כט).
Even the motivation to keep the חוקים that we don't understand are Divinely implanted in our hearts.
במקום אחר (בראשית כו, ה) הוא אומר שגם החוקים שאינם מובנים בהגיון הרציונלי חקוקים בעצם באופן טבעי בלב האדם:
והחוקים – הם חוקות השם שילך האדם אחרי מעשיו כאשר אפרש בפ' שעטנז. ואלה החוקות נטועות בלב.
מהקטעים האמורים מובהרת דעתו של הראב"ע שכל המצוות, הן המוסריות והן הדתיות, חקוקות בלב האדם וה' הוא שחקקן בו. לכן תיתכן כפילות במניעים לקיום המצוות.
