Maran ztz"l in the Pachad Yitzchak [it's been at least two posts since I last quoted him so it's about time:-)] on Chanuka shows that we thank Hashem twice in Modim, we start "מודים אנחנו לך שאתה" and then we say "נודה לך ונספר תהילתך על". Why the double thanks? He explains that הודאה sometimes means "thanks" and sometimes "admitting" [as in הודאת בעל דין]. Essentially, the two concepts are interrelated. When you thank someone you are admitting that you needed them [not an easy task - we often like to think that we are self sufficient]. When it means "admitting" it is connected to the next phrase with the letter "ש", meaning I admit "that". When it means "thanks" it is connected with the word "על" - for. I thank someone "for" what he did. So the first time we say מודה and continue שאתה it means that we admit to Hashem [that we are needy], the second time when we continue with על it means "thanks".
According to this, explains the Rinas Yitzchak, when we say מודה אני in the morning and continue שהחזרת with a ש, we are ADMITTING that He returned our neshamos and that we couldn't have done it ourselves.
Rav Kook [whom I suspect Rav Hutner was basing himself on, as he considered himself a talmid and told somebody I know that he owes 50 percent of who he is to Rav Kook] in the very first shtickel in his siddur עולת ראיה explains מודה אני as referring to both. For those who want to see the original...
ראשית ההופעה של צהלת החיים מביאה עמה את השמחה העליונה בחדות הקודש, שהיא מתבטאת בכל מלא הודה בבטוי "ההודאה". הכרת התודה לאלהי עולם, אדון כל המעשים, המחיה חיים בטובו, היא אוצר הטוב, הכולל בקרבו את כל התוכן של מילוי החובה וכל התוכן של העידון הרוחני ממלוא תנובת האהבה בחוברת, והנשמה מתנהרת בה ומתמלאה אורה ושמחה. ההוראה הלשונית של חובת הודאה, בבטוי "מודה" ביחוד, משותפת היא להודאה מגזרת תודה, הבאה מתוך הכרת הטובה של המיטיב, ומגזרת התודות והודאה על האמת. והדברים מתאימים זה לזה. צהלת החיים הראשונה, הפוגשת את האדם בהקיצו משנתו ומוצא הוא לפניו עולם מלא וחדש בכל מלואו וטובו, היא מרימה את אור השכל הפנימי להכיר את אור החיים וזיוו ביסודו, ותחת ההשקפה העכורה החמרית, שהיא מוטבעת בטבע הבשר, מתעלה הרוח להשקפה אלהית צחה, לראות את נשמת אור חי העולמים ביפעת מפעלה. והאדם ברגש תודתו מודה הוא על האמת, ומקיים את עומק אמתתה של ההכרה הרוחנית, ומעיד על כל אור החיים והיש, שהוא נובע כלו ממעין הטוב ומקורו, ממקור חסד עליון, המשפיע שפעת חיים לכל המון עולמים וכל יצוריהם
That is SOMETHING!! No translation will do it justice. But in a word - We wake up and upon seeing the new, fresh, exciting world we are filled with gratitude to Hashem. Then we are inspired to admit the truth. EVERYTHING comes from the source of all good ברוך הוא וברוך שמו.
