Rashi says [Yevamos 2a]:
ואשת אחיו מאמו - שמת ונשאה אחיו מאביו שהיתה נכרית אצלו ומת בלא בנים ונפלה לפני יבם זה לייבום אסורה לו לפי שהיתה אשת אחיו מאמו תחלה ואסורה לו עולמית.
Rashi implies that the issue is that since she was forbidden at one point so she is forbidden forever. "ואסורה לו עולמית". Why does he say that?? Say pashut that she is forbidden now b/c she is אשת אחיו מאמו???