בפתח האגף הימני ב'בית הרב קוק' שוכן חדר קדוש ומיוחד, זה חדר הלימוד של הרב. פה היה עוסק הרב שעות רבות בלימוד ותפילה.
מספר ד”ר נחום אריאלי,
(בנו של הרב יצחק אריאלי - מראשי ישיבת ‘מרכז הרב‘ בחיי הרב קוק):
מנהג היה בבית הרב שאין נועלים את הדלתות, לא את הדלת הראשית ולא את פתח חדרו של הרב. אין שעות קבלה, כל היממה פתוחה לקבלה. הרב חתם על עצמו שהוא “עבד לעם ד’ בארץ הקודש”, ולעבד אין שעות קבלה ואינו נועל את פתחו. והנה בבית הפקר זה, ננעל פתח חדרו של הרב כל יום לשעה אחת, ללימוד משותף של הרב עם אבי - הרב יצחק אריאלי.
והנה באחד מהימים שכח הרב לנעול את פתח חדרו, ובעוד הרב ותלמידו שקועים בלימוד ואין איש שם על לב. נפתח הפתח ואליעזר בן יהודה נכנס וישב. התחיל בן יהודה לשאול את הרב שאלות על השפה העברית - מקורות והסברים...
שאלותיו נתארכו והרב כמעיין המתגבר, פורש את המקורות בנגלה ובנסתר, שוזר ענין בענין, מלה במלה - כאחד הפילולוגים הגדולים. עד שתמו שאלותיו של בן יהודה ולא תמו תשובותיו של הרב...
לא האריך עוד הרב, רק אמר לו בזו הלשון: “אדון בן יהודה, אולי הגיעה השעה שתשוב, שתשוב בתשובה..?" והלה השיב: “אולי” , עד כאן ותו לא.
וכל אותו מעמד היה ביום השישי לפני הצהרים, שני לחנוכה, שנת תרפ”ג (1923). וביום זה בשעות אחה“צ נפטר באופן פתאומי אליעזר בן יהודה. ואבי פירש ואמר, שתשובת ה”אולי” שהשיב בן יהודה אל הרב קוק, היא בבחינת הרהור תשובה, שהריהו כתשובה...
