Writes Harav Dr. Tashbetz:
ונראה טעמו של דבר, דודאי עד אחד הבא להעיד בבית דין חששא רחוקה היא לפגום בן ברית מוחזק בכשרות ששקר הוא מעיד, אבל מכל מקום אפשר הוא שמעיד בשקר למען ששכור הוא, מה שאין לחשוד בזה שני עדים כשרים, שאין לחשוד כלל לזרע ברוכי ה' שיהיו חצופין כל כך שלא יתביישו זה מזה כיון שהם מוחזקים בכשרות ..... ונראה שזהו טעמו של דבר שהאמינה תורה עד אחד בסתירה דסוטה כדאיתא בפרק קמא דכתובות, דכיון שקינא לה ונסתרה רגלים לדבר וכו' ומשמע דהעד כשפסלתו תורה לאו משום דודאי משקר או קרוב לודאי הוא, אלא משום חששא רחוקה הוא דפסלינן ליה, וכיון דאיכא קצת רגלים לדבר שהרי קינא לה בעדים ועכשיו העיד זה העד שנסתרה אמרינן דודאי בקושטא קמסהיד לה על בעלה".
It is only a remote possibility but we are concerned that he was paid off to testify falsely as opposed to two witnesses where we have no such concern. But with regard to Sotah [where we believe one witness who says that the couple secluded themselves], since they were forewarned not to seclude themselves, we can also believe him that they did [רגלים לדבר].
So the Tashbetz gives a rationale. But the Rashba [תשובות המיוחסות סי' צ"ד] seems to hold that it is a גזירת הכתוב.