It shouldn't be done unless the Baal Korei can't read with the correct nekudos. Try to get a Baal Korei who prepared.
תשובות והנהגות כרך ג סימן סו
שאלה: קריאת התורה ע"י הנחת גליון שקוף שכתובים בו טעמים, על גבי הספר תורה
בדבר השאלה בבית המדרש ששכיח שאין שם "בעל קורא" שיודע לקרוא בס"ת, ומצאו עצה להניח גליון נילון שקוף שכתוב עליו הטעמים ע"ג הס"ת, ואותיות הס"ת רואין דרך הנילון, ובאופן זה יוכל כל אחד לקרות עם הטעמים, האם מותר לעשות כן.
נראה לומר שראייה כשמכוסה בזכוכית או נילון לא מועיל, ועיין בנימוקי א"ח מכ"ק האדמו"ר ממונקאטש סימן תרע"א שאין מדליקין נ"ח בלנטרנא לראות דרך זכוכית שאין זה ראייה, ולא דמי לבתי עינים שהדבר מגולה והם בטלים לעיניו, ודרך ראייה אצלו בכך, אבל כשמכסה הדבר בזכוכית לא נקרא ראייה, וכעין זה מצינו בברכת מאורי האש סו"ס רצ"ח דאין לברך על הנר המכוסה בעששית, ואף דלדינא קיי"ל כהרשב"א שמקיל בזה, מ"מ כבר כתב בביה"ל (בתחילת הסימן) דיש כמה ראשונים דס"ל כהבנת הב"י בזה, וע"כ לכתחילה יש להחמיר בזה, ובודאי "מצוה מן המובחר אין בזה" ע"ש, וה"ה בעניננו, [ואף דלענין ערוה בעששית מפורש בגמרא דהוא בכלל "ולא יראה בך" ערות דבר, פשוט דהכל כפי הענין ולענין ערוה דעיקר האיסור הוא דמביא לידי הרהור ע"כ אף ראיה דעששית חשיבא הרהור ולא דמי לעניננו דהכא] כיון דבעינן קריאה מגוף הס"ת דקדוש, חייבים לקרוא מהס"ת להדיא בלא שיפסיק זכוכית, דלענין קריאת התורה בעינן שיקרא כדרכו.
אמנם אפילו נימא שקריאת התורה יסודה כלימוד התורה ואין לפסול כה"ג, יש לחשוש שאם נראה כמנוקד וקורא כן, יסברו שזהו כתוב בתורה, והאמת שאסור לנקד התורה שיש בזה ביאורים בלי שיעור בניקודים אחרים ג"כ וקצרה שכלנו מהבין, והקריאה שלנו צריך לידע שקורין כן מפני שכך פשוטו של מקרא ולא שזה אופן הקריאה היחיד, וע"כ יש לומר דגם כשקורא לבד כאילו מנוקד אין לעשות כן.
אמנם, כשאין דרך אחרת דעתי שתלוי בזה, דאם אינו יודע רק נגינות הטעמים לא מעכב עי' ברמ"א קמ"ב ס"א, אבל אם אינו בקיא בניקודי ובפסקי הטעמים נראה דעת הגר"א ר"ס קמ"ב שמעכב דילפינן לה מקרא עיש"ה, ולכן אם הבעל קורא אינו יודע אפילו להפסיק באתנחתא באמצע, אפשר להקל לעשות כן. [ומיהו שמעתי שמצוי שהטעמים מסתירים חלק מהאותיות ואינו רואה כל האות וכה"ג א"מ להקל]. מיהו למעשה קשה לשנות מדרכי אבותינו, וישתדל מאד להשיג בעל קורא ואין עניות לציבור, אבל כשאין בעל קורא אחר והוא לא יודע אפי' להפסיק כהוגן, יש להתיר וכהנ"ל, כנלע"ד.
