The Ra'avad [or as they call him in the yeshivos "The Ry-vid" in Tumas Ochlin 15-1] wrote that מי גבאים are not מקבל טומאה [when still in the ground] as long as there is a רביעית which is enough to immerse pins and the like [מחטין וצנורות].
This means that if there is no רביעית then the water is מקבל טומאה. This is difficult to understand. The Gemara in Nazir 38b] says that the Rabbis cancelled the דין that a רביעית of water can purify pins so what does it help that there is a רביעית?
The חלקת יואב [Yo"d 32] explained [as did Rav Yaakov Edelstein ztz"l w/o having seen this חלק"י] that the Rabbis only cancelled the דין that a רביעית is מטהר but not that a רביעית is not מקבל טומאה as the Gemara [Beitza 7a] says "אפושי טומאה לא מפשינן" - we don't want to increase Tumah. The Internet is enough, thank you!
Rav Chaim Shmuelevitz goes on a different derech to explain the Ra'avad: Why does the Ra'avad say that you need a רביעית in order to be מטהר? Why isn't the fact that it is connected to the ground enough?? Anything מחובר is not מקבל טומאה?? So we have to say that טהרת מי גבאים is not because it has a שם ותורת מקוה but because it is מחובר לקרקע. Just it is only considered מחובר לקרקע if it is substantial and contains a רביעית - otherwise it is insignificant and not considered מחובר לקרקע.
[צ"ל שאין זה מהדין הכללי שמחובר אינו מקבל טומאה שהרי מפורש בתוספתא כאן גבי ככר שנפל למי גבאים שאף לאחר שנתלשו הרי הם טהורין כ"ז שלא נתלשו לרצון לצורך דבר תלוש ובכה"ג אין לטהרם מטעם מחובר אלא היא הלכה מיוחדת שאינם מקבלים חשיבות משקין לענין טומאה כ"ז שלא נתלשו לרצון לצורך דבר תלוש - רמ"ק].
Now we can understand the Raavad: The Rabbis cancelled the דין that a רביעית is מטהר and it no longer has תורת מקוה. But here the issue is a different one: Whether the water is considered מחובר. That wasn't altered by the decree of the Rabbis and with a רביעית it is still considered מחובר.
According to this, what is the דין of מים שאובין that was puured in the ground? Maybe thaey are not מקבל טומאה because while they are not מטהר because they don't have תורת מקוה, they may still be considered מחובר לקרקע and thus not susceptible to Tumah.
Another safek: מים זוחלין - Flowing water, is pasul for a mikvah. What about מי גבאים that are זוחלין? Are they מקבל טומאה? The Chazon Ish [1-8] wondered about this. The חלקת יואב [ibid] had no such doubt. He said that זוחלין are not מקבל טומאה since they are fitting to be a kosher mikva if they would just stop being זוחלין.