Aseh Doche And Burn It All?!

במסכת סנהדרין [קי"ג א'] נחלקו תנאים בדין כתבי הקודש של עיר הנדחת לתנא דמתני' יגנזו ור' אליעזר סובר שאם יש בה אפי' מזוזה אחת אינה נעשית עיר הנידחת כיון שאי אפשר לקיים בה ושרפת את כל שללה וגו' וקשה בין לת"ק בין לר"א מדוע לא נימא דיבוא עשה ד"ושרפת" וידחה לא תעשה של "לא תעשון כן לה' אלוקיכם" וצ"ע.