On the West Side they have this issue in some of the shuls - the Aron Kodesh isn't facing Yerushalayim. What to do? Here is where it gets confusing....
וצ"ע במקומות שמפני הדוחק א"א להם בשום פנים להעמידו בכותל המזרח ומוכרחים להעמידו בצפון או בדרום לאיזה צד יתפללו הקהל אם למזרח מפני שהוא נגד ירושלים או מוטב שיתפללו כלפי הקודש דהוא הארון:
ביאור הלכה ק"נ
ומיהו אפילו קבעו ההיכל בכותל אחר צריך למתפלל להחזיר פניו למזרח:
מ"ב צ"ד ט'
היש פשר לדבר הזה??